Keberadaan Universitas Iqra Buru sebagai salah satu perguruan tinggi suwasta di kawasan Timur Indonesia , pada mulanya berasal dari penandatanganan Momerandum of Understanding (MoU) antara pihak pemerintah Kabupaten Buru dengan Universitas Muslim Indonesia Makassar, dalam rangka pengembangan sumber daya manusia melalui suatu lembaga pendidikan tinggi pada tanggal 4 November 2000. pada awalnya, Universitas Iqra Buru dikenal dengan nama Universitas Muslim Indonesia Buru, untuk itu ketika diterbitkannya izin operasional oleh Dirjen DIKTI dengan surat keputusan Menteri Pendidikan Nasional RI Nomor : 154/D/O/2003 tertanggal 5 September 2003 tentang pemberian ijin penyelenggaraan program-program studi dan pendirian Universitas Iqra Buru di Kabupaten Buru – Maluku diselenggarakan oleh Yayasan Muslim Buru di Maluku, dengan sendirinya UMI Buru berubah nama menjadi Universitas Iqra Buru.

Universitas Iqra Buru (UNIQBU) dibawah naungan Yayasan Muslim Buru memiliki 8 (Delapan) fakultas dengan 17 program studi. selanjutnya dalam memenuhi kebutuhan masyarakat untuk melanjutkan studi di perguruan tinggi, UNIQBU juga menyelenggarakan program ekstention untuk beberapa program studi disamping program reguler yang dijalankan.

Dipilihnya nama “IQRA”, menurut para penggagasnya berasal dari ayat pertama yang diturunkan Allah SWT kepada Nabi Muhammad SAW, yang berarti “Bacalah!”. Bacalah!/membaca mengandung arti yang sangat luas bagi pengembangan pendidikan dan dakwah, sehingga diharapkan Universitas Iqra Buru dapat menjadi ujung tombak dalam mendidik masyarakat untuk dapat membaca dan memahami segala bentuk kehidupan yang ada di muka bumi ini sebagai amanah dalam mencari dan mensyukuri nikmat Allah swt.